فیلم داستان هیپاتیا فیلسوف و ستاره‌شناس برجسته‌ای در قرن چهارم میلادی در اسکندریه را روایت می‌کند. او که به تدریس فلسفه و نجوم مشغول است، به‌ویژه درک حرکت‌های سیاره‌ای و نظام کیهانی، به علم و دانش تعهد دارد. در همین حال، شهر اسکندریه دچار آشوب‌های شدید مذهبی می‌شود؛ مسیحیان قدرت می‌گیرند و با پیروان ادیان دیگر، به‌ویژه مشرکان و یهودیان، درگیری‌های خشونت‌باری پیدا می‌کنند. این تنش‌ها به کتابخانه بزرگ اسکندریه هم کشیده می‌شود و بخش‌های بزرگی از میراث علمی و فرهنگی آنجا تخریب می‌گردد. در این میان، یکی از شاگردان هیپاتیا،...